Hm gute Frage
Aber ich glaube, wenn du es nicht über den CCM startest, wird die letzte mit CCM gestartete Konfig bzw im Start Button ausgewählte Konfig herangezogen, denn wenn du über CCM das Spiel startest oder auf Erneure klickst, werden die Dateien im CDCache und DCBackup Ordner der Konfig entsprechend angepasst und die werden ja auch gelesen wenn du es "normal" startest.
Ich hab jetzt mal ein kurzes Manual geschrieben - es soll euch den Einstieg in das Programm erleichtern. Hier könnt ihr es runterladen:
Manual CC Magic